流程大致可分为八个阶段：启动、调查诊断、体系构建、手册编写、发文宣贯、实施运行、内部审核、管理评审。

启动

成立企业工作小组，制定企业工作计划，召开企业启动大会，对主要参与部门、人员进行相关培训。

调查诊断

调查企业基本信息、组织架构、相关制度，诊断企业管理现状。

体系构建

制定企业方针、目标，策划企业职能架构，构建企业管理体系。

手册编写

编写企业管理手册，编制企业管理制度、控制程序、记录表单。

发文宣贯

颁布企业管理手册、制度、程序、表单，开展企业宣贯培训，指导各个部门、人员正确理解和执行。

实施运行

运行企业管理体系，填写体系运行记录，定期进行体系运行监测。

内部审核

企业对其自身的管理体系进行审核，并对审核中的不合格项采取纠正和改进措施。

管理评审

企业最高管理者就企业管理体系的现状、适宜性、充分性和有效性以及方针和目标的贯彻落实情况进行评审。